La flor principal y representativa del valle de Bonao (y Bonao en general) es la hortensia. Se encuentran siete asociaciones vegetales como son bosque nublado, manaclar, matorral, bosque ribereño, Cali metal, cafetal y pastizal; presenta 482 especies de plantas vasculares (346 nativas y 78 endémicas) Unas 30 especies de insectos lepidópteros (8 endémicas), 26 especies de anfibios y reptiles de las cuales 7 se encuentran amenazadas y en peligro de extinción. Existen unas 53 especies de aves de las cuales 16 son endémicas, 8 están amenazadas.
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